在常大帅看来，不清共不行了，共的基层组织和人员已借着国共合作渗透到各个角落，遍地基层组织都变成了共党的支持者或同情分子，尤其是长江战役失利，南北战局基本稳定，北伐暂时没有进展之际，共把精力转向了内部，农会到处都在打土豪分田地，有些来头的军官和上层阶层都表示不满，浙江财阀也表示不满，更让常大帅觉得头疼的是，背后的英、美、法等国也对这些提出了警告，要知道广州政府的海军还有很大一部分指望着英美呢！这些警告背后可不是小事情。
为维护自己的地位，给英、美缴纳投名状，常大帅利用第一军警卫广州的机会，武力分共清党，随即各军纷纷响应，7天内杀掉了3万共产党，史称广州政变或612反革命政变！常大帅被苏联定义为革命背叛者，他的亲儿子，尼古拉斯·蒋在中山大学发表演讲，断绝父子关系，控诉常大帅的暴行！据说深受东方部主任、王明后台老板米夫同志的好评。
广州政变后一个月，南边各地掀起了轰轰烈烈的清党，口号是“宁可错杀一千，不可放过一个”，其实真正的共产党不过2-3千，大部分都是国民党左派，但情况危急时还顾得上这些？杀了再说。对广州政府的举动，张大帅乐见其成，只要求吴大帅、孙大帅好好练兵，其他暂时不要管。
这次政变与历史不同，由于广州政府没有占领武汉也没有占领南京，因此汪精卫等国党左派也在广州，在常大帅动手之后，汪精卫不敢反对但也不便支持，最后被迫出国考察，其他左派或是成立国民党革命委员会号召“武力讨常”，或者就干脆与常大帅合并，作为一个派别而言，左派基本被消灭了。而一直嘟嘟囔囔的西山会议派因为常大帅干了武力清共这件事，大力欢迎，也有很多人加入。因此到7-8月份之间，常大帅的中派成了主流派。
9月1日，常大帅正式出任国民政府军事委员长并兼任国民革命军总司令，独揽大权，为戴个帽子掩饰一下，林森被选举为国民政府主席，算是国家元首，但下面人都知道，林主席只是个摆设，真正管用的还是委员长或者叫委座。
本来一切都很顺利，但9月14日就出了问题，共产党利用自己在左派内的影响力，煽动了张发奎4军部队，在南昌发动起义，当初叶挺独立团余留下来的人物几乎悉数都在其中，这一起义拉走了3个师，几乎把张发奎变成了光杆司令，并在南昌成立了革命政府。
焦急万分的常大帅派遣李宗仁、白崇禧为主的7军配合朱培德的3军前去剿灭，代价是把广西、贵州的地盘全部交给李、白，两人欣然答应，用10天功夫就办完了事，但一波未平一波又起，被欠薪11个月、原任国民党宣传部副部长（正部长是汪精卫兼任）的毛润之发动秋收起义，后来又与南昌起义的残部会和，共同在井冈山举起义旗，武力讨蒋，不过他们兵马不多、武力不行，所以常大帅暂时还没放在眼里，他的重心依然放在内部整固之上。
广西、贵州的地盘归了李、白；
湖南的地盘归了谭延闿和程潜；
江西的地盘归了朱培德；
湖北的地盘本来要归李济深和张发奎，结果李济深不肯服从，张发奎的部队被共拉走成为光杆司令，于是常大帅趁势又把湖北收了回来，让何健担任了省主席，不过掺入了自己嫡系一军的人马，算是双方各管一半；
福建的地盘更为怪异，老北洋萨镇冰居然被请了出来担任省主席，然后闽系海军掌握了福州、厦门等要害之地，不过其他地方归部分粤军人马控制，约定除了拨款以外，还用福建的税收支援海军——这是海军向常大帅效忠的根源；
真正掌握在常大帅手里只有浙江、安徽和广东，而且广东还要与一大堆老牌人物分享，不过常大帅认为这不要紧，他有机会逐步逐步再收回来——这些都是小问题，共产党才是心腹大患。
建设中的深圳特区自然也遭到了这一事件的波及，管委会常务副主任安切洛蒂提出了强烈抗议，为稳住意大利这个列强并进一步搞好关系，常大帅做了三个方面的让步：
第一，管委会主任由意大利人充当，中国人变副手；
第二，允许意大利海军及其附属力量常驻——说白了就是允许陆战队和飞机上岸并常驻；
第三，同意设立黑水保安公司中国分公司，规模不超过3000人，可装备6英寸以内的火炮，负责深圳特区治安巡逻，称特区警卫但不称呼为军队，广州政府军队负责特区外部和边界治安；
第四，特区内部的司法事件由特区工部局自行负责处理，直报广州政府司法部，不受广州省、县两级管辖。
得到这些让步条件后，安胖子在请示美国后也以其他方式回报了常大帅：
第一，拥戴常大帅就任委员长并统管广州政府，暗示不会不会支持其他派别——长江以北的不算；
第二，模范执行广州政府的条例和法律，不允许有共产党分子容身之地，不过不武力清共，只礼送出境；
第三，资助常大帅军费600万大洋，算是特区提前缴纳税收——现在特区的税已算到1938年了；