大清刚刚入关不到两年，党争这个恶疾便开始发作了。
党争的双方都是汉官，并沿续明朝东林对阉党的格局。
如果说当年明朝据有中国，是个大一统王朝，朝廷官员党争还算情有可原，可大清不过刚入关，如今实际控制区也不过关内的山西、北直、顺天府、陕西数府寥寥区域，这个党争发作的就有点让多尔衮很是恼火了。
被称为阉党的是大学士冯铨，孙之獬、李若琳等。
首先发起“进攻”的是御史吴达，此人籍贯江南，东林党人。
吴达上书说今日大清用人都是取自前明，然前明的逆党权翼，贪墨败类不加分辨概以晋用，并非长久之事，故恳求摄政王重视“中国未定，人材毕集”现状。
此后，吴达再劾冯铨，列其罪状有三：一、冯铨是魏忠贤之义子，仕清后揽权纳贿，曾向姜瓖索银三万两，准以封官，恶习不改。二、纵令其子于内院盛宴诸官，终日欢饮，趁机结纳党羽。三、“票拟自专”，“使人畏惧逢迎”。
吴达力请罢黜冯铨，以肃政本。接着，降清的东林党人给事中许作梅、王守履和御史桑芸也纷纷疏劾之，而言词最为激烈者是御史李森先。
李森先心忧大清，深忧如冯铨此类奸相误国，请求多尔衮立彰大法，戮之于市，并颁告冯铨罪恶于天下。
至此，降清东林党人对降清阉党的斗争进入高潮，“将逾旬日，未蒙鉴裁，内外大小，群情汹汹”。
多尔衮对此极为重视，并于重华殿亲理此事，因为他深知明朝之亡有半数原因是因为官员党争，而大清如今虽是满汉堂官制，且以满官为首，但各地主政的官员多数却是汉官，因此如果任由党争继续，对立足未稳的大清绝不是好事。
最终，在大学士刚林、宁完我等人的建议下，多尔衮偏向冯铨一方，因为这些人早已经剃发蓄辫，并举家男妇皆效满装，是大清不折不扣的忠臣。
在朝会上，多尔衮先是当着百官面指明朝之亡皆因党争之患，以此威慑降清的明官体要再将恶习用到大清。
接着，又厉声责问上疏诸臣：“何乃蹈明陋习，陷害无辜？”
冯铨等被指阉党的官员听了摄政王这话，那是一个个如沐圣恩。
给事中龚鼎孳不晓得好歹，竟还旧话重提当年冯铨依附于魏阉之事。
冯铨立刻反唇相讥，指发龚鼎孳曾降李自成，官为北城御史。
龚鼎孳面红耳赤，多尔衮追问此事属实否，龚鼎孳只得以魏徵也曾降唐太宗为己辩解。
这个龚鼎孳气节太差，其元配夫人童氏两次被明朝封为孺人，知丈夫降清后不愿前来北京接受清廷封赏，独自合肥居住。这就让前来北京的龚鼎孳小妾、所谓秦淮八艳之一的顾横波捡了便宜，被清廷封为一品夫人。
“狡辩无耻，尔等只配缩脖静坐！”
多尔衮狠生训斥了龚鼎孳一通，对李森先、许作梅、桑芸等人不是夺官，就是降调，而对其他人并未深究。一来这些东林党人很多都是江南人，现在处罚他们不利于将来对南方的征服。二来多尔衮也知道以汉治汉的好处。
当日散朝之后，满汉百官下朝散班，多尔衮却独自进宫。