在教育独立、学术自由的空间日益被压缩的政治氛围中，蔡元培依然尽最大的可能👝实现自己的教育理念。
蔡元培奉行的🙆🞾教育方针是科学化、劳动化、艺术化。
他常说“脑力与劳动同时并进之好处，非独养成身体发达之平均，而最大关键，乃在打破劳动阶级与知识阶级之界限。”又说“人生由小而长，而老，而死，苟无🍔🇳🜥艺术之调和，则一世生活，真无兴趣之可言。……故艺术兴味，确为教育上第一要义。”
推行美育，可以说是蔡元培一生的追求。
蔡元培历来认为，美是有力🍏量的，没有美育的教育也是不完整🝨的教育。他曾大声疾呼“美育是最重要、最基础的人生观教育。”
他说“当每一个公民都拥有发掘美好的眼睛与心灵，拥有完善的性格、更富情趣的人生和更高的精神境界，不仅是个人之福，也是国家之幸。”
在蔡元培看来🙆🞾，一个完整强健人格的养成，并不仅仅源于知识的灌输，也在于感情的陶养。这种陶养就是美育。塑造全面完整的人，是美育的宗旨。
在北大校长🕌🈐♆任上，他曾不遗余力的把推行美🗲🟠育，做为北大教改的重要🎌🏧方面。担任大学院长，无疑为他推行美的理念提供了更大的空间。
年蔡元培组织大学院时，即特设立“全国艺术教育委🐺员会”。这🔎年月，上海成立了音乐院，蔡元培亲自兼任院长，中国现代音乐史的一代宗师、现代专业音乐教育的开拓者与奠基者萧友梅担任教务主任。
这便🅍🅖🆣是中国历史最悠久的🖇🐡🁛高等音乐学府——著名的上海音乐学院的前身。
年月🅍🅖🆣，音乐院改名为音乐专科学校，校中设立预科、本科，并附设师范科。萧友梅担任校长，但蔡元培一如既往的关心音乐学校的建设。
廖辅元回忆“萧先生每逢‘音专’有什么重大措施，🐺都先向蔡先生汇报。蔡先生对萧先生的汇报总是耐心倾听，同意的频频点头🄕♁🅚，不明白的就及时发问，听懂了就相视而笑，表示赞赏。”他又说“他蔡元培的态度是那么平易近人，虚怀若谷，从来没有看见他有一点架子。”
蔡元培还亲自在校园种了一棵大松树，并在树前摄影🐺留念。后来“音专”人一直奉蔡元培为学校的创办人。
另一所蔡元培一手推动创办的重要艺术院校🗲🟠是“国立杭州艺术专科学校”👑，这便是今天著名的中国美术学院的前身。
年月日在国民政府大学院艺术委员会的😺第一次会议上，蔡元培提出了创办艺术大🖌学的提案。
他说“我国民政府为厉行教育放烟花，尤不可不注意富有革命性之艺术教育，急谋所以振兴之……此本会向中华民国大学院建议创办国立艺⛎🙕术大学之最大理由也。”
蔡元培积极推动学校中的体育运动，推动国民体质的增强。年月，大学院的大学委员会制定《各国🚫立大学军事训练条例》，提请国民政府在各国立大学实行军训制度，并拨给相关经费。
条例言道“欧战以来，欧美日本各国大学一致厉行军事训练，不遗余力……我国素以和平为世界倡，国民积久相沿，以至萎靖巽懦，自卫🜐🁐能力薄弱。对外则招辱取侮，领土丧失，受不平等条约束缚；对内则不能抵抗非法，一任军阀与官僚土豪之鱼肉或恶化分子劫持。以此🞄👦国民，而与世界列强互竞，国既不国，种亦云亡。本大学有鉴于此，为求民族精神之发扬与国民革命之未完成，已经拟定军事计划，聘请军事专家，于正课之余，实施训练。”
年月日🛖🜖🂈，蔡元培又召集全国各地体育界代表，在南京组织全国体育指导委员会，商讨办法，促进公共体育。月，更明确将开展军事教育和体育写入《全国教育会议宣言》中，提出凡中学以上应以军事教育为必修课，每年各校学生应进行三星期连续的严格军事训练。
大学🅍🅖🆣院制改革失败后，蔡元培虽不再在国民🗲🟠政府的教育机构中担🔎任行政职务，但他继续致力于教育，努力倡行义务教育和职业教育。
年月，蔡元培在《现代学生》月刊创刊号上发表🝵🏢《怎样才配做一个现代学生》一文，教导青年学生要有“狮子样的体力”“猴子样的敏捷”“骆驼样的精神”“崇好美术的素养”和“自立”“🎯爱人”的美德。
年月，🛖🜖🂈蔡元培又就青年教育问题向记者发表了谈话，稍后又在《浙年》上发表《我们希望的浙年》一文。