年月日，在蔡元培的召集下，关于“中研院”搬迁的一个重要会议在香港酒店举行。总干事朱家骅以及丁西林、竺可桢、李四光、傅斯年等各所所长都出席了。蔡元培主持会议，确定了战时院务的众多重大决定与生存发展策略，大家也统一了思🆎想。
但是，“中🙌研院”总干事一职的人选问题，一直让蔡元培伤脑筋。被蒋介石任🉀🄑命为浙江省政府主席的朱家骅曾多次要求辞掉总干事一职，均被蔡元培拒绝。这次到香港，朱家骅又一次以将出任驻德大使为🁪由，请蔡元培另聘他人。蔡元培虽仍不同意，但也不能不考虑新的人选了。
月里的一天，蔡元培邀请任鸿隽一起午餐。任鸿隽曾为四川大学首任校😝长，能力很强，蔡元培虽然心有打算，但见⚼他事务繁忙，感到时机还不成熟。
月，等朱家骅又提出辞职时，任鸿隽的事务也基本安顿下来，蔡元培正式邀其继任总🅔🆒🎻干事。任鸿隽深知“中研院”情况复杂，虽答应帮忙，但要求到桂林等地视察后再决定。可是，蔡元培认为已不能再拖了，最终说服了任鸿隽，通电宣布其出任总干事。
蔡元培慧眼识才，任鸿隽则不辱使命。🚦在“中研院”搬迁安置最困难的时期，任鸿隽通过自己在四川等地的人🝕脉以及非凡的工作能力，促使“中研院”各所成功地安顿下来，并不间断地产生科研成果。
蔡元培始终关注着“中研院”，他不止一次的鼓励同仁“🔍⚾🗁人类历史本充满着打破困难的事实；于困难中觅得出路，正是科学家之任务。又况易地以后，新材料的获得，各方面人才之集中，当地原有机关之协助☴，亦有特殊便利之点。吾人决不因迁地之故而自馁！”
在此期间，他接受了叶企孙、陶孟和、傅斯年的建议，将“中研院”最终决定权🚍💈授予评议会秘书翁文灏。在特定的条件下，这无😧🃴疑是有利于“中研院”的存在和发展的重大举措。
新中国成立时，“中研院”的大部分机🚦构很好地保留下来，🕟成为科学事业的重要力量。对此，蔡元🎑🐖⛚培功不可没。
蔡元培在香港养病期间，好友张静江曾邀请他同往美国，以便其获得更好的疗养。然而，蔡元培婉言谢绝，理由是自己身负“中研院”职责、文化学术🗣工作，这些均关系国家百年大计，未可一日停顿，实不能远离。
在香港的岁月，蔡元培的身体🈒♕多在🏹病中，不得不推辞众多的邀请。
蔡元培在香港唯一一次公🝻开活动，是👭🌅☕出席由宋庆龄领导的保卫中国大同盟和香港国防医药筹赈会，联合在圣约翰大礼堂举办的美展开幕式。
这天，蔡🌃元培精神大振，在包括港督罗🚦富国在内的众多来宾面🏼前，即兴发表演讲
“抗战时期需要人人具有宁静而强毅的精神，不论是前方冲锋陷阵的将士，还是后方供给军需、救护伤兵、拯救难民的人员，以及其他从事于不能停顿之学术或事业者，🝵🏣🛻有了这种精神，⛧🜯便能免于疏忽错乱散漫等过失，从而在全民抗战中担当起一份任务……”
在抗战初期的困难时刻，蔡元培始终有一种自信的乐观与豪情，并不时鼓荡起铁马金戈👮般🏝🛈🚛的壮烈情怀。这种情怀，在其诗作中有很强烈的表现
“枫叶获花瑟瑟秋，江州司马感牢愁。
“而今痛苦何时已，白骨皑皑战血流。”
这是他当时写给陆丹林的诗。
“世号诗史杜工部，亘古男儿陆渭南。
“不作楚囚相对态，时闻谔谔展雄谈。”
这是他读完友人《八一三纪事诗》所题的一首🃢🙞七绝🍦。
透过这些字里行间溢出的爱国激情，不难看出🃢🙞病居香港的蔡元培既有“江州司马”的愁怀，又思慕🎑🐖⛚那“亘古男儿”的气概。
最能说明这时期蔡元培壮心不已的🏹文字，莫过于他被国际反侵略运动大会中国分会推为第二届名誉主席后，为该会会歌所作的歌词。